Amzon Omics Storage からリファレンスストアを削除するための前提条件を確認してみた

リファレンスストアを削除しようと思ったら Omics Storage 上の全データ削除が必要です。

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大村保貴

2023.01.18

この記事は公開されてから1年以上経過しています。情報が古い可能性がありますので、ご注意ください。

すでにリファレンスストア、シーケンスストアにゲノムデータを保存してある状態からリファレンスストアを削除するために必要な作業を確認しました。実際にリファレンスストアを削除したみた結果をまとめます。

確認結果

リファレンスストアを削除するためにシーケンスストア内の全リソースを削除する必要がある
リファレンスストアの削除は AWS CLI からのみ削除できる
シーケンスストア内のリソース（リードセット）はマネージメントコンソールから削除できる
- aws omicsコマンドでリードセット削除のオプションを発見できなかった

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リファレンスストア、シーケンスストアの削除方法

各ストア内にデータがなければストアを削除できることになっています。リファレンスストア、シーケンスストアの削除方法はドキュメントに以下の記載があります。

Both reference and sequence stores can be deleted. Sequence stores can only be deleted if they don't contain read sets, and reference stores can only be deleted if they don't contain references. Deleting a sequence or reference store will also delete any tags associated with that store.

Deleting reference and sequence stores - Amazon Omics

シーケンスストアに保存するリードセットはリファレンスストアに保存してあるリファレンスゲノムと紐付けが必要な仕様上、リファレンスストアを削除するためにはまずシーケンスストアの削除が必要になるはずです。実際に試して確認してみます。

やってみた

現在の Omics Storage の環境を説明します。リファレンスストアには1つリファレンスゲノムが登録されています。

シーケンスストアも1つあります。

その中に2つのリードセットがあります。このリードセットはリファレンスストアに唯一登録されているリファレンスゲノムに紐付いて保存されています。

リファレンスストアの削除失敗

最終削除目標のリファレンスストアから削除してみましたが失敗しました。具体的に関連付いているリソース名はエラーメッセージからは確認できません。原因はおそらくリファレンスゲノムの登録があるから削除できないものと思われます。

$ aws omics delete-reference-store --id 1214442314

An error occurred (ConflictException) when calling the DeleteReferenceStore operation: The specified resource is associated with other resources and cannot be deleted.

リファレンスゲノムの削除失敗

リファレンスストアに保存してあるリファレンスゲノムの削除してみましたが失敗しました。エラーメッセージは内容に具体性はありません。原因はおそらくリファレンスゲノムがシーケンスストアに保存されているリードセットと関連づいているから削除できないものと思われます。

$ aws omics delete-reference --id 1922453704 --reference-store-id 1214442314

An error occurred (ConflictException) when calling the DeleteReference operation: The specified resource is associated with other resources and cannot be deleted.

シーケンスストアの削除失敗

シーケンスストアを削除してみましたが失敗しました。エラーメッセージの内容は同様に具体性はありません。原因はおそらくシーケンスストア内にリードセットが保存されているため削除できないものと思われます。

$ aws omics delete-sequence-store --id 8757186820

An error occurred (ConflictException) when calling the DeleteSequenceStore operation: The specified resource is associated with other resources and cannot be deleted.

リードセットの削除

リードセットの削除はAWS CLI から削除できそうなコマンドが見つかりませんでした。マネージメントコンソールから削除します。

複数個のリードセットを選択しまとめ削除することができました。日本語表示だと削除確認のための文字列入力が不明だったため英語表示に切り替えました。

リファレンスストアの削除

今まで削除をしてきた順番の逆順に削除していけばリファレンスストアの削除に成功しました。リファレンスストアの削除はマネージメントコンソールから削除方法が用意されていませんでした。

# シーケンスストアを削除
$ aws omics delete-sequence-store --id 8757186820
# リファレンスゲノムを削除
$ aws omics delete-reference --id 1922453704 --reference-store-id 1214442314
# リファレンスストアを削除
$ aws omics delete-reference-store --id 1214442314

リファレンスストアを削除すると Omics Storage の初期状態へ戻ったことになります。